install.packagesでのError
ちょっとハマったので備忘。
> install.packages("TTR") #(中略) clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/Cellar/r/3.2.1_1/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/readline/lib -o xts.so add_class.o any.o attr.o binsearch.o coredata.o diff.o dimnames.o endpoints.o extract_col.o init.o isOrdered.o isXts.o leadingNA.o merge.o period.max.o period.min.o period.prod.o period.sum.o rbind.o rollfun.o runSum.o startofyear.o subset.o subset.old.o toperiod.o totalcols.o tryXts.o unique.time.o -L/usr/local/Cellar/gcc/5.2.0/lib -L/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0/lib/gcc/5/gcc/x86_64-apple-darwin14.3.0/5.1.0 -L/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0/lib/gcc/5 -lgfortran -lquadmath -lm -F/usr/local/Cellar/r/3.2.1_1/R.framework/.. -framework R -lintl -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0/lib/gcc/5/gcc/x86_64-apple-darwin14.3.0/5.1.0' ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0/lib/gcc/5' ld: library not found for -lgfortran clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) make: *** [xts.so] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘xts’ * removing ‘/usr/local/Cellar/r/3.2.1_1/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/xts’ ERROR: dependency ‘xts’ is not available for package ‘TTR’ * removing ‘/usr/local/Cellar/r/3.2.1_1/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/TTR’ ダウンロードされたパッケージは、以下にあります ‘/private/var/folders/b7/5pf80zmn03d5tjwx6zbd0jb400123gn/T/RtmxWfWtNZ/downloaded_packages’ 警告メッセージ: 1: install.packages("TTR") で: パッケージ ‘xts’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました 2: install.packages("TTR") で: パッケージ ‘TTR’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
ということで、「libgfortranがないっす」って言われてるので探してみる。
$ mdfind -name libgfortran.a /usr/local/Cellar/gcc/5.2.0/lib/gcc/5/libgfortran.a /usr/local/Cellar/gcc/5.2.0/lib/gcc/5/i386/libgfortran.a
ありますねー、そしてこのディレクトリも-Lで既に入ってんじゃん、、って思ったら、-L/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0/lib/gcc/5
が悪さしてそう・・・
なんだよなんだよ余計なもんつけやがって、、、で、今度はRのoption設定してるファイル探す。
#Rのディレクトリ漁ってたら怪しいファイル発見。 $ vi /usr/local/Cellar/r/3.2.1_1/R.framework/Versions/3.2/Resources/etc/Makeconf 1 # etc/Makeconf. Generated from Makeconf.in by configure.$ 2 #$ 3 # ${R_HOME}/etc/Makeconf$ 4 #$ 5 # R was configured using the following call$ 6 # (not including env. vars and site configuration)$ 7 # configure '--prefix=/usr/local/Cellar/r/3.2.1_1' '--with-libintl-prefix=/usr/local/opt/gettext' #(中略) 44 FFLAGS = -g -O2 $(LTO)$ 45 FLIBS = -L/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0/lib/gcc/5/gcc/x86_64-apple-darwin14.3.0/5.1.0 -L/usr/local/C 46 FCPICFLAGS = -fno-common$
ここにいたああああ!ということで、早速書き換える。
44 FFLAGS = -g -O2 $(LTO)$ 45 #FLIBS = -L/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0/lib/gcc/5/gcc/x86_64-apple-darwin14.3.0/5.1.0 -L/usr/local/ 46 FLIBS = -L/usr/local/Cellar/gcc/5.2.0/lib/gcc/5/ -lgfortran -lquadmath -lm$
このあとインストールしたら無事できました。めでたしめでたし。